#11 : Les liens entre écologie et pandémies : synthèse d'analyses de chercheurs

Ces quinze derniers jours, les articles et interviews sur le lien entre écologie et épidémies se sont multipliés, ce qui est une bonne nouvelle pour la prise de conscience collective d’un sujet qui avait été peu mis en avant durant les premières semaines de la crise sanitaire (la fameuse « indifférence au point de départ » dont parle le professeur Didier Sicard, évoquée dans un numéro précédent).

La posture courante selon laquelle « les virus et autres microbes ont toujours existé » est très réductrice et dangereuse car elle donne l’illusion que nous pourrions continuer comme avant cette crise (en renforçant seulement nos systèmes de santé curatifs).

Pour comprendre pourquoi, vous trouverez ci-dessous une synthèse et une sélection de contenus (tribunes, entretiens, podcasts), qui s’appuient sur les travaux de différents chercheurs (écologues, épidémiologistes, etc.). Tous se recoupent dans une large mesure mais chacun apporte un éclairage intéressant. J’ai évidemment veillé dans cette synthèse à éviter autant que possible les redites. Les premiers contenus présentent les fondamentaux du sujet. Si vous êtes pressé(e), je vous recommande tout particulièrement de lire les propos (qui se suivent ici) de Jean-François Guégan, Serge Morand et de Didier Sicard, qu’on peut qualifier de...francs et directs !

NB : je ne remets pas ici l’article du Monde Diplomatique résumé dans cette newsletter il y a un mois mais il reste bien sûr entièrement d’actualité.

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« Covid-19 ou la pandémie d’une biodiversité maltraitée » - Tribune d’un collectif de chercheurs dans The Conversation


Morceaux choisis :

« Nous détruisons les milieux naturels à un rythme accéléré : plus de 85 % des zones humides ont été supprimées depuis le début de l’époque industrielle.

Ce faisant, nous mettons en contact des populations humaines avec de nouveaux agents pathogènes. Les réservoirs de ces pathogènes sont des animaux sauvages habituellement cantonnés aux milieux dans lesquels l’espèce humaine est quasiment absente ou en petites populations isolées.

(…) En outre, le commerce d’animaux rares alimente les marchés et permet la contamination des grands centres urbains. L’épidémie du SRAS était advenue du fait de ce type de circonstances, par la proximité entre chauve-souris, carnivores et consommateurs humains.

(…) Les trafics mettant en présence divers animaux permettent aux agents infectieux portés de recombiner et d’être ainsi capables de franchir la barrière entre espèces, comme cela a été le cas pour le SRAS et comme cela semble être le cas pour le Covid-19.

Au-delà de la crise actuelle du Covid-19, ce risque n’est pas marginal : plus des deux tiers des maladies émergentes sont des zoonoses (maladies dont le réservoir de l’agent infectieux est un animal) ; et parmi ces zoonoses, la majorité provient d’animaux sauvages.

(…) En 2007, la conclusion d’un article scientifique majeur sur l’épidémie du SRAS annonçait une « bombe à retardement » due à « la présence d’un réservoir important de virus de type SARS-CoV dans les chauves-souris Rhinolophidae combiné avec l’élevage de mammifères exotiques dans le sud de la Chine. » Cette bombe à retardement semble avoir explosé en novembre 2019 avec le Covid-19

(…) Quand il s’agit de biodiversité, les causes des crises sont connues et les remèdes aussi : quand allons-nous enfin appliquer les remèdes ? La solution serait d’arrêter la destruction de l’environnement dans les pays du Sud – la déforestation, le transport d’animaux exotiques, le commerce mondial de n’importe quelle denrée ou espèce vivante.

Le monde que nous laisserons à nos enfants et petits-enfants sera affecté par de nouvelles pandémies, c’est malheureusement déjà sûr La question reste à savoir de combien de pandémies il sera question. Cela dépendra de nos efforts pour préserver la biodiversité et les équilibres naturels. »


« La prochaine pandémie est prévisible, rompons avec le déni de la crise écologique » – Tribune d’un collectif de chercheurs écologues (Libération)


Morceaux choisis :

« La pandémie du Covid-19 était inimaginable pour beaucoup. Pour les chercheurs, elle était prévisible. Des études scientifiques, et même des livres disponibles dans les librairies de nos villes la laissaient prévoir. Seuls le moment du passage de la vague et son intensité restaient inconnus. Des pandémies ont déjà eu lieu. D’autres sont à prévoir. C’est une quasi-certitude.

(…) Depuis des années, nous avons affronté le VIH, Ebola, la dengue, Zika, le chikungunya, le Sars, le H5N1, le H1N1, et beaucoup d’autres maladies émergentes qui, moins spectaculaires, ne font pas la une. Mais leur nombre est en constante augmentation depuis un demi-siècle et les épisodes épidémiques se font de plus en plus fréquents.

Les mammifères sauvages ne représentent plus aujourd’hui que 4% de la biomasse des mammifères terrestres. On pourrait croire que la menace diminue avec leur régression. Le contraire se produit du fait de l’artificialisation de plus de 80% des terres cultivables et de l’extension de l’agriculture, de l’élevage industriel, et de l’empreinte humaine sur l’entièreté de la planète. »


« Si nous ne changeons pas nos modes de vie, nous subirons des monstres autrement plus violents que ce coronavirus » - Interview de Jean-François Guégan, directeur de recherche à l’Inrae, spécialiste des relations entre santé et environnement (Le Monde)


Morceaux choisis :

« Les départements affectés aux maladies infectieuses ont été, ces dernières années, désinvestis car beaucoup, y compris dans le milieu médical, estimaient que ces maladies étaient vaincues.

(…) Mais on observe une augmentation de la fréquence des épidémies ces trente dernières années.

Nous n’avons cessé d’alerter sur leur retour en force depuis quinze ans, sans succès. On a vu les crédits attribués à la médecine tropicale s’effondrer, des connaissances se perdre, faute d’être enseignées, même si elles perdurent encore chez les médecins du service de santé des armées, dans les services d’infectiologie et les grandes ONG humanitaires.

(…) La médecine, en France, a toujours privilégié l’approche curative. On laisse le feu partir, et on essaie ensuite de l’éteindre à coups de vaccins. De fait, il existe aujourd’hui une hiérarchie entre les différentes disciplines : certaines sont considérées comme majeures, parce que personnalisées, technologiques, curatives. C’est le cas, par exemple, de la médecine nucléaire ou de la cardiologie. D’autres sont délaissées, comme la santé publique et l’infectiologie, discipline de terrain et de connaissances des populations.

(…) Depuis les débuts de notre civilisation, l’origine des agents infectieux n’a pas varié. Les premières contagions sont apparues au néolithique, lorsqu’on a construit des villes dont les plus grandes pouvaient atteindre vingt mille habitants. On a ainsi offert de nouveaux habitats aux animaux commensaux de l’homme.

(…) La déforestation massive a amplifié le phénomène depuis cinquante ans, en particulier dans les zones intertropicales, au Brésil, en Indonésie ou en Afrique centrale pour la plantation du palmier à huile ou du soja. Elle met l’humain directement en contact avec des systèmes naturels jusque-là peu accessibles, riches d’agents microbiens.

Il ne fait aucun doute qu’en supprimant les forêts primaires nous sommes en train de débusquer des monstres puissants, d’ouvrir une boîte de Pandore qui a toujours existé, mais qui laisse aujourd’hui s’échapper un fluide en micro-organismes encore plus volumineux.

(…) L’approche cartésienne pour démontrer les relations de cause à effet n’est plus adaptée face à ces nouvelles menaces. Toutes les problématiques planétaires nécessitent de développer des recherches intégratives et transversales, qui doivent prendre en compte les sciences humaines, l’anthropologie, la sociologie, les sciences politiques, l’économie…D’un point de vue épistémologique, il est temps d’en finir avec cette distinction entre sciences majeures et mineures, pour reconstruire une pensée scientifique adaptée aux nouveaux enjeux. Cela demande que chaque discipline se mette à l’écoute des autres.

(…)  Cette épidémie est terrible, mais d’autres, demain, pourraient être bien plus létales. Il s’agit d’un coup de semonce qui peut être une chance si nous savons réagir. En revanche, si nous ne changeons pas nos modes de vie et nos organisations, nous subirons de nouveaux épisodes, avec des monstres autrement plus violents que ce coronavirus.

(…) On ne réglera pas le problème sans en traiter la cause, c’est-à-dire les perturbations que notre monde globalisé exerce sur les environnements naturels et la diversité biologique. Nous avons lancé un boomerang qui est en train de nous revenir en pleine face. Il nous faut repenser nos façons d’habiter l’espace, de concevoir les villes, de produire et d’échanger les biens vitaux.

L’humain est un omnivore devenu un superprédateur, dégradant chaque année l’équivalent de la moitié de l’Union européenne de terres cultivables. Pour lutter contre les épidémies, les changements nécessaires sont civilisationnels.

La balle n’est plus dans le camp des chercheurs qui alertent depuis vingt ans, mais dans celui des politiques. »


« La crise du coronavirus est une crise écologique » - Interview de Serge Morand, écologue de la santé, directeur de recherche au CNRS et au Cirad (Libération)


Morceaux choisis :

« Certains pourraient être tentés d'éradiquer des espèces pour remédier aux épidémies : c'est tout l'inverse de ce qu'il faut faire ! Le nombre d'épidémies de maladies infectieuses est corrélé au nombre d'espèces d'oiseaux et de mammifères en danger d'extinction par pays. Les milieux riches en biodiversité, avec des mosaïques d'habitats, des agricultures diversifiées, des forêts, contribuent à réduire la transmission des maladies zoonotiques et sont plus résilients. Les pathogènes y sont certes nombreux, mais circulent localement, répartis sur beaucoup d'espèces, ne se propagent pas facilement d'un endroit à l'autre et d'une espèce à l'autre et ne se transforment donc pas en grosses épidémies. C'est ce qu'on appelle l'« effet de dilution ».

(…) Prenez l'exemple de la bactérie responsable de la maladie de Lyme, transmise par une tique. Une étude (Keesing et al., 2010) a démontré que la maladie est moins présente dans les Etats américains où la diversité en petits mammifères est la plus importante. Là où les écosystèmes sont préservés ou restaurés, on observe un nombre important de mammifères, dont certains sont des espèces « cul-de-sac » ne transmettant pas la maladie, permettant ainsi de « diluer » le risque d'infection.

(…) Donc moins il y a de biodiversité, plus cela favorise le passage des maladies aux humains. Surtout si on multiplie les élevages intensifs, où l'on concentre des animaux d'une seule espèce, sans diversité génétique.

Le fait que des virus qui restaient jusqu'ici dans les chauves-souris parviennent jusqu'aux humains est nouveau et directement lié à leur perte d'habitat, qui les rapproche des animaux domestiques.

(…) Depuis 1960, humains, animaux et végétaux subissent ce que j'appelle une « épidémie d'épidémies ». Il y a de plus en plus d'épidémies par an, de plus en plus de maladies différentes, qui sont de plus en plus partagées entre les pays et deviennent donc des pandémies.

(…) Ce qui change par rapport à avant, c'est la combinaison de trois facteurs : perte de biodiversité, industrialisation de l'agriculture – qui accentue cette perte – et flambée du transport de marchandises et de personnes.

On a simplifié les paysages, multiplié les monocultures, et la Terre compte aujourd'hui 1,5 milliard de bovins, 25 milliards de poulets, des milliards de cochons. Ajoutez à cela un transport aérien qui a bondi de 1 200% entre 1960 et 2018, idem pour le fret maritime... Et vous obtenez cette « bombe » épidémique. C'est un immense défi pour les systèmes de santé publique, qui doivent se préparer à tout. 

(…) Les réponses actuelles aux crises sanitaires préparent de nouvelles crises. C'est dramatique, cela prépare au pire. En Thaïlande, pour répondre au virus H5N1 de la grippe aviaire, on a abattu en masse les races locales de poulets de basse-cour. Elles ont été remplacées par des races génétiquement homogènes issues de la recherche agro-industrielle, prévues pour de grands élevages confinés. Une politique promue par l'Organisation des nations unies pour l'alimentation et l'agriculture (FAO), qui déplore pourtant par ailleurs la disparition depuis le début du XXe siècle de 30% des races de poulets, 20% des races de cochons... On entretient un cercle vicieux infernal, alors même qu'on sait qu'une diversité génétique élevée protège contre la propagation des pathogènes.

Même mauvaise réponse lors de la grippe aviaire H5N8, qui a émergé dans des élevages intensifs de Corée en 2016. En France, dans le Gers, on a ciblé a priori les oiseaux sauvages, un petit élevage d'une race locale de canards... avant de comprendre que la crise avait été propagée par des transports de poulets et de canards depuis l'Europe centrale.

(…) Nos dirigeants doivent absolument comprendre que la santé et même la civilisation humaine ne peuvent se maintenir qu'avec des écosystèmes qui marchent bien. Qu'il existe des limites planétaires à ne surtout pas dépasser, sans quoi cela se retournera contre nous. Pour cela, il faut démondialiser, et vite ! Préserver la biodiversité en repensant l'agriculture. (…) L'argent de la PAC ne doit plus subventionner une agriculture industrielle qui nous mène dans le mur, mais les services rendus par les agriculteurs à la société. (…) Qu'on aide aujourd'hui les agriculteurs à se désendetter, à changer de modèle, à réancrer l'agriculture dans les territoires. En développant l'agroécologie, l'écopastoralisme, l'agroforesterie, etc., on recrée de la résilience, du lien social, on lutte contre le changement climatique, on rend les agriculteurs d'ici et d'ailleurs heureux, on mange des aliments de qualité. Et on évite les crises sanitaires. C'est faisable ! »


Entretien avec le professeur Didier Sicard - France Culture


Morceaux choisis :

« L’origine de l’épidémie devrait être l’objet d’une mobilisation internationale majeure. Moi, je n’ai pas la réponse à toutes les questions, mais je sais simplement que le point de départ est mal connu. Etqu’il est totalement méprisé.

(…) On sait que ces épidémies vont recommencer dans les années à venir de façon répétée si on n’interdit pas définitivement le trafic d’animaux sauvages. Cela devrait être criminalisé comme une vente de cocaïne à l’air libre. Il faudrait punir ce crime de prison. En Chine, notamment, la convention internationale [sur les ventes d’animaux sauvages] n’est pas respectée. Il faudrait créer une sorte de tribunal sanitaire international, comme un tribunal international pour les crimes de guerre, avec des inspecteurs indépendants qui vérifient ce qu'il se passe sur le terrain. 

(…) Ce qui m’a frappé au Laos, c’est que la forêt primaire est en train de régresser parce que les Chinois y construisent des gares et des trains. Ces trains, qui traversent la jungle sans aucune précaution sanitaire, peuvent devenir le vecteur de maladies parasitaires ou virales et les transporter à travers la Chine, le Laos, la Thaïlande, la Malaisie et même Singapour. La route de la soie, que les Chinois sont en train d'achever, deviendra peut-être aussi la route de propagation de graves maladies.

(…) Les chauve-souris sont porteuses d’une trentaine de coronavirus ! Il faut que l’on mène des travaux sur ces animaux. Evidemment, ce n’est pas très facile : aller dans des grottes, bien protégé, prendre des vipères, des pangolins, des fourmis, regarder les virus qu’ils hébergent, ce sont des travaux ingrats et souvent méprisés par les laboratoires. Les chercheurs disent : 'Nous préférons travailler dans le laboratoire de biologie moléculaire avec nos cagoules de cosmonautes. Aller dans la jungle, ramener des moustiques, c’est dangereux.' Pourtant, ce sont de très loin les pistes essentielles

(…) C’est toute la chaîne de contamination qu’il faut explorer. Les réservoirs de virus les plus dangereux sont probablement les serpents, car ce sont eux qui se nourrissent perpétuellement des chauves-souris, elles-mêmes porteuses des coronavirus. Il se pourrait donc que les serpents hébergent ces virus en permanence. Mais c’est justement cela qu’il faut savoir et vérifier. Il faudrait donc que des chercheurs capturent des chauves-souris, mais aussi qu'ils fassent le même travail sur les fourmis, les civettes, les pangolins et essayent de comprendre leur tolérance au virus. C’est un peu ingrat, mais essentiel.

(…) L’Institut Pasteur du Laos est dirigé par un homme exceptionnel, Paul Brey. Ce directeur a la fibre d’un Louis Pasteur, il est passionné depuis vingt ans par les questions de transmission. Mais il est extrêmement seul. Quand le ministère des Affaires étrangères français retire le poste de virologue de cet Institut Pasteur qui est à quelques centaines de kilomètres de la frontière chinoise, on est atterré. Cela s’est passé en novembre 2019. Nous allons essayer de récupérer ce poste, mais c’est quand même effrayant de se dire qu’aux portes même de là où les maladies infectieuses virales viennent, on a de la peine à mettre tous les efforts. L’Institut Pasteur du Laos est soutenu très modérément par la France, il est soutenu par les Japonais, les Américains, les Luxembourgeois.

Le réseau des Instituts Pasteurs - qui existent dans plusieurs pays - est une structure que le monde nous envie. Mais des instituts comme celui du Laos ont besoin d'être aidé beaucoup plus qu'il ne l'est actuellement. Ces laboratoires ont du mal à boucler leur budget et ils ont aussi de la peine à recruter des chercheurs. La plupart d’entre eux préfèrent être dans leur laboratoire à l’Institut Pasteur à Paris ou dans un laboratoire Sanofi ou chez Merieux, mais se transformer en explorateur dans la jungle, il n’y a pas beaucoup de gens qui font cela. Or c’est ce que faisait Louis Pasteur, il allait voir les paysans dans les vignes, il allait voir les bergers et leurs moutons. Il sortait de son laboratoire. Tout comme Alexandre Yersin qui était sur le terrain, au Vietnam, quand il a découvert le bacille de la peste.

(…) Ce qui fascine les candidats au Prix Nobel, c’est de trouver un traitement ou un nouveau virus en biologie moléculaire et pas de reconstituer les chaînes épidémiologiques. Or les grandes découvertes infectieuses sont nées ainsi : l’agent du paludisme, le Plasmodium, a été découvert par un Français, Alphonse Laveran sur le terrain, en Tunisie ».


Entretien avec l’écologue Philippe Grandcolas - Le Monde


Morceaux choisis :

« Nous pensons toujours avec une certaine vision Nord-Sud, voire avec xénophobie. Cela nous permet de critiquer la mauvaise gestion des marchés en Chine par exemple, alors que nous avons les mêmes problèmes. Ainsi, en France, nous tuons des centaines de milliers de renards par an. Or ce sont des prédateurs de rongeurs porteurs d’acariens qui peuvent transmettre la maladie de Lyme par leurs piqûres.

(…) Il n’y a pas d’ange ni de démon dans la nature, les espèces peuvent être les deux à la fois. La chauve-souris n’est pas qu’un réservoir de virus, elle est aussi un prédateur d’insectes en même temps qu’une pollinisatrice de certaines plantes. »


« Pour limiter les pandémies, les humains doivent « décoloniser le monde » » - (Reporterre)


Morceaux choisis :

« Pour la philosophe Virginie Maris, « cet épisode contribue à déconstruire l’idée que la nature serait foncièrement bonne et que la solution à la crise écologique actuelle serait d’“accepter les lois de la nature”. »

Car accepter les lois de la nature signifierait, selon elle, se soumettre à une logique malthusienne, en commençant par frapper les plus vulnérables. La loi du plus fort, en d’autres termes. Pour la philosophe, « l’urgence n’est pas de se conformer à la nature, mais de redonner au monde naturel l’espace et l’énergie dont il a besoin. L’étau dans lequel l’humanité enserre la nature et les autres-qu’humains doit être relâché de façon radicale ».

Un avis partagé par Hélène Soubelet (directrice de la Fondation pour la recherche sur la biodiversité), qui défend l’idée de protéger au moins 30 % de la planète d’ici à 2030, à travers la création d’aires protégées, où les activités humaines sont restreintes, voire interdites.

Créer et étendre des sanctuaires paraît être, selon elle, la meilleure solution face à notre insatiable appétit : « On a beaucoup plus d’incitations à détruire la biodiversité qu’à la protéger, l’économie étant ainsi fondée sur la destruction de la biodiversité ; et comme la valeur intrinsèque de celle-ci n’est pas reconnue, la seule chose qui a une valeur quantifiable, c’est l’exploitation de cette biodiversité : un stère de bois, une peau de léopard. » 

Philippe Grandcolas, directeur de recherche au CNRS, déplore lui aussi notre vision manichéenne de la biodiversité — les mauvais virus d’un côté, les bons animaux de l’autre — qui empêche de penser les interconnexions et la complexité du vivant : « Nous nous nourrissons du vivant, notre santé en dépend. Nous avons beaucoup de mal à comprendre qu’il n’est pas permanent, et que nous ne pouvons pas continuer à être dans une telle prédation par rapport à lui. »


Conclusion

Terminons avec ces mots des biologistes Barbara Réthoré et Julien Chapuis : « En portant atteinte à la biodiversité, l’homme détruit la résilience nécessaire à sa propre santé.

La crise du coronavirus est le symptôme d'une crise bien plus profonde : celle du vivant, celle d'une biodiversité maltraitée. Considérons cette pandémie comme un signal d’alarme en provenance du monde sauvage. Car si nous ne protégeons pas la biodiversité, une chose est sûre : les crises sanitaires vont se multiplier et s’amplifier ».

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C’était le 11e numéro de Nourritures terrestres, la newsletter sur l’écologie qui donne matière à penser : n’hésitez pas à le partager s’il vous a intéressé ou à vous inscrire sur ce lien. Retrouvez également ici l’ensemble des numéros précédents. A très vite !